En presencia de faringitis, la garganta se enrojece, se inflama y se calienta: es así como el cuerpo nos dice que la garganta está «bajo amenaza».
De esta manera, los virus y las bacterias pueden invadir la mucosa faríngea y dañarla, provocando la formación de microlesiones epiteliales y desencadenando una respuesta inmunológica de defensa de tipo inflamatorio que causa dolor, sensación de irritación (ardor, prurito) y dificultad para deglutir.
Independientemente del factor desencadenante, la causa principal de la percepción del dolor son los mediadores químicos liberados localmente en respuesta al daño celular sufrido.
Los principales mediadores que toman parte en el mecanismo molecular que conduce al dolor son las prostaglandinas y la bradiquinina, que actúan sensibilizando las terminaciones sensoriales a nivel de la mucosa.